それには正解はないと思いますが、(作者の意向なので)
私が読み取るとしたら、怖いと思います。
少し赤くなって頭をかいたという表現からです。また、ルロイ修道士の立場に立って考えて、怖いというよりも怖くないと嘘をつく方がわたし(井上ひさし)を安心させることができると考えたのではないでしょうか？
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ありがとうございました🙏