たしかに
be going to 〜
〜するつもりだ
という表現はあるのですが、今回は違います。
今回は、次の2つの文がつながったと考えましょう。
The bus go to the zoo.
The bus is late.
つまり、今回はbe going to という助動詞のような表現ではなく、ただのgo to〜 〜へ行くという一般動詞です。goingになっているのは、「バス(←動物園へ向かっている)は遅れた」のようにバスを修飾する形になっているからです。これを現在分詞と言います。
The bus ( going to the zoo ) is late.