主語として、’you’があるので、
2番目の文は一般的な命令文の形でないです。
普通、助動詞(do)はbe動詞と一緒に
使ってはいけませんので、
単純な否定文にするなら、
You are not late.(あなたは遅れていません。)
になります。
命令文にするなら、
Don’t be late.
になります。
助動詞(don’t)とbe動詞を同時に使っていますが、
否定の命令文は「普通の文」ではない、例外的な文で、
必ず「don’t ＋動詞の原形」のかたちを使います。
ただ、めっちゃ稀ですが、
中学高校範囲の、いわゆる正しい文法からはそれて、
だいぶん特別な用法として、
命令文なのに強調として主語youをつけることがあります。
その場合強めになるので、
わりとキツイ言い方に感じると思いますよ。
(でも多分これではない気がする…)
長文失礼しました。
分かりやすくありがとうございます！！
ちなみに、
You must not late.
と
Don’t be late.
のニュアンスの違いとしては、
前者が、キツイ感じ(「話し手の判断によって」とか言われます。)
後者は、軽い感じ(個人的には友達同士とかで「遅れて来んなよ！」くらいのノリのイメージ)
です。