現在完了の文を考えるとき、もとの文をイメージするとわかりやすいですよ。
例えば、
I live in Japan.
という文を現在完了の文に強化すると、
I have lived in Japan.
というようになります。
つまり、上の文の動詞であるliveが過去分詞のlivedに変化しています。
このことを考えると質問にある例文は、
We are friends.
(私たちは友だちです。)
がもとの文になります。これを現在完了にしたとき、
We have been friends.
となります。
これも先程と同様に、動詞のareが過去分詞のbeenになっただけとなります。
つまりbeenには特に深い意味はなく、「もとの文がbe動詞だからそれを現在完了の文にした結果、be動詞を過去分詞にしてbeenを使わなければいけなくなった」という方がイメージしやすいかと思います。
