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文法上，itやthemが[a new [bike]]や[two old red [bikes]]のように「名詞句」(名詞が主役のカタマリ)の代わりをするのに対し，one(s)は[bike(s)]のような「名詞」の代わりをします。
今回で言えば，先に「新しい自転車」と出ていて，後から「良い自転車」と言いたくなった時に，itを使うと[a new [bike]]の意味に固定されるので，bikeだけをoneに代えて，goodが入る余地を残したということになります。
このとき，a new bikeとa good one(＝a new bike)という，『言葉の上では』別々の2種類のバイクが登場することになります。
これが「同種の別のもの」の意味です。
bikeなのは変わらない(同種である)けれど，newなやつとgoodなやつで，別々のbikeを表せるよ，という意味です。
ただし，今回はたまたま，それら2種類のバイクが『現実世界では』同じものを指すのはお察しのとおりです。oneは，
A: I want [this blue [shirt]] in this picture.
B: Sorry, we only have [this red [one]].
のように，同種の，完全に別のものを指すこともできます。
なるほど！！ありがとうございます！