✨ ベストアンサー ✨
「時」はin/on，「場所」はat…という使い分けではありません。
「時」でも in 2013 / on Monday / at 8:30 のように全部使い分けますし，「場所」でも in Japan / on the desk / at school と全部使い分けます。
「時」の場合は (長) in ＞ on ＞ at (短) の解釈でだいたい乗り切れます。
「場所」の場合は (広) in ＞ at (狭) が「〜で」の意味で，onは(「接触」を表すと言われますが実際は)ほとんどが「〜の上で」の意味です。
「時」にせよ「場所」にせよ，inは＜ハコの中＞のイメージで，atは＜点＞のイメージです。
北海道は「点」と言うには広すぎるのでinとお考えください。
なお，100％正確な説明ではないので，後から細かい人からツッコミが入るかもしれませんが気にしないでください。
中学英語はだいたいそれ↑で乗り切れますので。
ご回答ありがとうございます！
イメージで考えることで納得がいきました！でも慣れることが一番大切ですね…！
で，後は完全に「慣れ」の問題です。
in Japanのような表現を今まで見たことがないはずはないので，そういった過去のデータの蓄積と結びつけて，慣れるしかありません。