which,where,whatはいずれも疑問詞もしくは関係詞として使われる単語です！
今回は明らかに疑問詞ではないので、説明は省きます。
この文章では、↓の画像で言うと「青線部がS」「赤線部がV」「緑線部がO」という構図になっています！
「"握手"の最も通用的な説明」が主語、
「～だ(be動詞）」が動詞、
「お互い武器を持っていないことを見せ合って、友好的な目的を見せること」が目的語
です。ですので、[ ]にthatを入れthat節を作り、直訳で
「"握手"の最も通用的な説明は、それ(握手)はお互いの手の中で武器が運ばれていないことを証明し、友好的な目的を見せることからきている」。
意訳で
「お互いに武器を持っていないことを明らかにし、友好関係を築こうとしていることを表そうとするのが、"握手"の通用的な意味である」
にします！
とても丁寧にご説明して下さりありがとうございます。
すみません、which、whatではダメなんでしょうか？