be動詞の主な意味は、〜がいる、〜があるという意味で、doは、〜をするという意味です。
今回は『 エイミーはどこにいますか』であり、エイミーが何かをしている(do、does)でなく、エイミーがどこに"いる"のかを聞いてるので、be動詞のisになります。
Where does Amy〜？の文章は、『 エイミーは〜をどこでしていますか？』という訳し方になります。
何か分からないところがあれば言ってください！
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