in the schoolは「校舎などの建物の中」といったニュアンスがあります。at school は「学校の中」といったより曖昧なニュアンスがあります。
文にしたい動作がどこで行われているかを考えて、使い分ければ大丈夫です。
The students are playing in the school because it is raining.
(雨が降っているので、生徒たちは学校の建物の中で遊んでいる。)
【雨なので、「建物の中」で遊んでいるだろう→inを使う】
There was a big festival at the school .
(先週、その学校で大きな祭りがあった。)
【祭りは「学校全体」で行われているだろう→atを使う】
こんな感じで、日本語だけに頼るのではなく、風景をイメージしながら考えるとなんとなく区別が付くと思います。
