図らずも、先ほど似た問題への回答をさせていただきましたのでこの問題にも回答させていただきます。
まず、文の一番最初のところで Put the book back 「本を返しておけ」と命令文の形で書かれていますね。では本をどこ「に」返せばいいのでしょうか。この「に」の部分が to にあたります。
次に where it was の部分ですが、これは一見、疑問文のように見えますが、実は「それがあったwhere→それがあった場所」という意味を表す大きな名詞(名詞節)の役割を果たします。当然、この前には「〜に」を表す前置詞(名詞の前に置く言葉) to が置かれています。