回答
ＮａＣｌのＮａとＣｌの結びつき方とＨ２ＯのＨとＯの結びつき方の種類が異なるからです。
Ｈ２Ｏは水素原子２つと酸素原子１つが非常に強く結びついていて、この３原子の結びつきだけで独立している。ＮａＣｌはナトリウム原子と塩素原子が同じ割合で結びついているが、ナトリウム原子１つと塩素原子１つだけに特別に強い結びつきがあるわけではない。したがって、ＮａＣｌはナトリウム原子１つと塩素原子１つが結びついていることを示しているのではなく、ナトリウム原子と塩素原子が１：１の個数比で結びついていることを示しています。
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分子も電荷は0だと思うのですが…
イオン結合（クーロン力）で延々とつながっていくのがイオン結晶、共有結合で一つ一つの粒になるのが分子だと思いますよ。
見分け方は、イオン結晶は金属+非金属で（電気陰性度の差が強いために電気的性質を帯びる）、分子は（共有結合結晶を除いて）非金属同士でできていることだと思います！