あっ！！そういうことかっっ！！！
だとしたらwhateverはill effectの後に「なんでも」と修飾してるだけで形容詞みたいな役割ってことでしょうか？
だから関係形容詞っていうんでしょうか？

あらゆる、悪い影響(工場から生じた)

訳では、「工場で働くことから生じたあらゆる悪い影響ははんでも工場の周りに住むことの肯定的な影響によって十二分に埋め合わせされた」とあるので、whatever ill effects resulted 全体含めてがwere compensated の主語になるのではないですか？

whateverの後はSとVを持ってきます。

Whatever ill effect (resulted...) wereです。　
ごめんなさい、説明不足でした。

resultedとeffectの間にはthatが来て、effectを説明する文が入ります。effect (説明→resulted....)

were compensatedはill effectが主語です。

ではwhatever ill effect の後のwere compensated の主語はなんですか？