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生体で重要な機能を果たしている遺伝子は、変異が起きると排除されるので置換率は小さくなります。
例えば、非同義置換だけを見た時、遺伝子Xは確率が0ですが、これはこの遺伝子が変化してしまうと重大な問題が発生してしまうため、置換率が小さいと考えられます。
よって、非同義置換の確率が小さいほど置換が起きた時有害な作用が起こる可能性が高くなります。
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やっとわかりました！ありがとうございました！