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海面から1番深い水深までが9780mであることを示しています。

実は海面というのは1日2回干潮と満潮を繰り返しています。
要は海面の高さは一日のうちでも結構上下するんですよね。季節(主に月の運行と密接に関係します)によっても上下の幅が変わります。大潮など。
なので、海面から山頂までというと一日のうちでも変わってきちゃうので、日本の高さ表示には「東京湾の平均海面」の高さを基準にしているそうです。

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