質問の意味がよくわかりませんが、抗原は体にとって害をなすものだからじゃないですか？
獲得免疫は体にとって害をなすもの（ただの異物と考えてもよい）で自然免疫では対処しきれないものに働きます。なので、それを排除するために獲得免疫を得るのですから、「獲得免疫を得るから抗原は体にとって良い作用をもたらす。排除する必要はないのでは？」という考え方は少し違うような気がします。
うまく説明できなくて申し訳ないです。
抗原は異物でした。
丁寧な説明ありがとうございます！
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抗原は異物を排除する獲得免疫を引き起こすものです。それは害なのですか？