私が訪ねた時ナンシーは2時間テレビを見ていました
Nancy was watching TV when I visited Nancy
→Nancy had been watching TV for two hours when I visited her.
2つ目
Nancy had been cooking for two hours when I called on her
料理をしていたを入れたいのであれば、あってます。
この文は過去の話をしていて、私が訪れた(過去)時ナンシーはテレビを見ていた、となるので、had been p.p.を使うのが文法的に正しいと思います。
過去進行形でも
訪れた過去の時点で動作中だったとは解釈できないのでしょうか?