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大過去は、過去のさらに過去のことですので、純粋に大過去を表すことになるのは、had + 過去分詞 の過去完了ですね。
having 過去分詞
to have 過去分詞
この二つは、文の中で名詞や副詞などとして使われるものですから、
文の中ではこれらとは別に、SV〜 と文型を取るときに「V」になる動詞があるはずです。
それを「主節の動詞」とか「本動詞」とか「述語動詞」とか言いますね。
having 過去分詞/to have 過去分詞 の「have+過去分詞」は、大過去ではなくて
主節の動詞の時制よりも過去のことを表す
ということを表しています。
ですから、主節の動詞が現在形なら過去のことを表しますし、主節の動詞が過去形なら、過去の過去、つまり大過去を表すことになります。主節の動詞によるのです。
たとえば
①He seems to be illは
It seems that he is ill に書き換えられます。
②He seems to have been ill. は
It seems that he was illです。
③He seemed to have been ill は
It seemed that he had been ill です。
この中で、③のto have been illは大過去を表しています。
主節の動詞seemedが過去で、to have been illは過去の過去のことです。
書き換えた文も、該当するところが過去完了になっていますね。
②のto have been illは大過去ではありません。
主節の動詞が現在形で、to have been は現在よりも前のこと、なので書き換え文は過去形になっています。