対立遺伝子は相同染色体の同じ位置に存在します。
下のような図で、Aの対立遺伝子の位置を問われたなら、aの位置と答えられたのではないですか?
A
 ̄ ̄ ̄ ̄ ̄  ̄ ̄ ̄
_____ ___
a
この問題の難しい所は、分裂期の染色体で描かれている所です。図2は、それぞれの染色体が細胞分裂に備えてコピーをつくっている状態です。
すなわち、遺伝子Aのある染色体と、①の染色体はコピーであって、相同染色体ではないのです。よって、①にはAが乗っています。
③~⑤については、それぞれ別の遺伝子が乗っています。