in which=whereと捉えます。関係副詞のうしろは完全文(1～5文型のどれか)が来ます
関係詞thatの前には基本的には前置詞は来ないです
in that+S+Vのみ「SがVと言う点で」と言う特例がありますがここでは不適では？
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