誤解を防ぐためだと思います
もしour thinkingだとすると
Solving the problem was more difficult than our thinking.
という文は
Solving the problem
その問題を解くこと
と
our thinking
私たちが考えること（何を？ という疑問はありますが）
を比較して、前者の方が難しかったと言ってるように読めると思います。
実際は、
Solving the problem was more difficult than we had thought.
Solving the problem
と
we had thought that solving the problem had been 〜. (〜部分は 難しい/簡単 etc)
を比較しています。つまり
その問題を解くこと は
私たちが事前に（その問題を解くのは）難しいとか簡単だとか考えていた 以上に 難しかった
と言っています。
予想以上に難しかった ということです。
our thinkingという形でもそういう意味で取れるかもしれないけど、最初に言ったような誤解を生んじゃうのではないかと。
