前方の[Had you arrived there]が後方に来た時クエスチョンマーク「?」はつきますか?
→ つきません。なぜなら、had you arrived there:仮定法過去完了の倒置表現(疑問文の語順)であり、疑問文ではないからです。
【普通の仮定法】
=[If you had arrived there], you should have told me.
=You should have told me [if you had arrived there.]
参考にしてください。