まず、英語では完全分,完全分という形は99%とらないので②は不可(残りの1%は例外)
そして雨が降ったという表現はここではIt had rained となりますがこれでは完全分なので、It having rainedとなります
ここで、It(主語)の省略が考えられますが、主節の主語がweで一致しないので残ります(これを高校英語では独立分詞構文と言う)
よって、解答は③
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