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キリシタン大名であった有馬晴信がポルトガル船を焼き討ちした背景には、単純な宗教観ではなく、「貿易利権（経済）」、「幕府への忠誠（政治）」、そして「ポルトガル側とのトラブル（直接の引き金）」という複合的な要因がありました。
有馬晴信は、前年のトラブルへの復讐心、家康の意向（幕府への従属）、そして自身の経済的利益を守るために、キリシタンとしての信仰心よりも、大名としての政治的判断を優先して焼き討ちを行いました。
なお、禁教令はこの少し後の1612年（岡本大八事件）以降に本格化するため、この時点(1609年)ではまだ「キリシタンだから殺される」という時代ではありませんでしたが、ポルトガルとの関係は決定的に悪化しました。
理解できました！ありがとうございます🙇🏻♀️