大きさが異なるから同じ色の玉でも区別ができてしまいます。赤(大)、白(大)、青(大)で残りの玉を選ぶ状況と赤(小)、白(小)、青(小)で残りの玉を選ぶ状況は異なるものになります。
回答
赤1個、白1個、青1個の選び方は(全ての玉の大きさが異なるので区別があるから)それぞれ4、3、2通りあるので、
4*3*2*6=144(通り)です。
上の6は質問者様のいう通り、9-3の6です。
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