水素結合は共有結合している電気陰性度の強い原子に引き付けられている水素原子が、他の分子上の原子に引き付けられて出来る非共有結合の名称です。
ペプチド結合はアミノ酸どうしがアミド結合した時の特別名称です。
もしアミド結合とペプチド結合の違いということであれば、ペプチド結合はアミド結合のうちの１つです。
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