One of the 最上級 複数名詞という使い方があります。たくさんある都市の中の1つがニューヨークと言っているわけなので複数名詞を書くんですよ。はじめのうちは慣れるまでOne of the 〜 複数名詞って覚えたほうがいいかもしれません。
回答
たくさんある大きいな町(都会)の中の一つがNYだから。
本文のcityはNYを指しているのではなく、
たくさんある都会を指しています。
もし間違っていたら、すいません!
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