まず正解の文は
What movie is the best that you have seen?
になるかと思います。
この文で、1番言いたいこと(元になる文)は「1番良い映画は何ですか」で、(つまり肯定文だと ○○ is the best movie)
関係代名詞を用いて言いたいことは「あなたが今まで見た中で」になります。(ここの見分けは難しいですね)
文末に来るのは副詞だけであり、この場合の the best は、映画 を修飾する形容詞なので名詞の直前か直後になければなりません。