回答
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まず、how subjects can be express の部分は一見、疑問文のように見えますが、実は「どのように主語が表現されるか(ということ)」という訳となり、１つの大きな名詞(名詞節)の役割を果たします。
このような構文を間接疑問文といいます。
次に、設問では最初にThere is a linguistic difference 「言語的な違いがある」と述べられています。では、どこにその「言語的な違い」があるのか、その場所こそ「主語の表現のされ方」の「中 in」にあるのです。
また、先ほど申し上げたように how〜 は名詞の役割を果たします。よってこの how〜 の前には 名詞の前に置く言葉、すなわち前置詞である「in」が来ており、文法的に見てもなんらおかしくはないことがわかります。
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疑問詞節が名詞節となっているので、前置詞の後ろに入ることは文法的にも問題ないですよね。