自己免疫疾患というのは、本来であれば攻撃されない筈の正常な自己の細胞がT細胞によって攻撃されてしまう疾患です。
正常であれば自己の細胞に反応するキラーT細胞に対し制御性T細胞が自己の細胞であるから攻撃してはならないと信号を送ります。
しかし何らかの理由で制御性T細胞の機能が低下した場合、自己の細胞に反応するキラーT細胞に信号が送れずキラーT細胞は自己の細胞を攻撃し始めてしまいます。
これが自己免疫疾患となります。
翻って免疫不全症は、ウイルスなどの感染によりヘルパーT細胞が死滅することにより発生する疾患です。
ヘルパーT細胞はB細胞やマクロファージの活性化などを行っていますが、このヘルパーT細胞の数が減っていくため活性化が行われにくくなり、時間の経過と共にあらゆる感染症に罹りやすくなってしまいます。
こうなってしまうと外部からのウイルスなどに対する免疫が正常に働かないため本来であれば大したことのない感染症(風邪など)でも重い症状となってしまいます。
これが免疫不全症です。
つまり、制御性T細胞の機能低下により正常な自己の細胞が攻撃されてしまうのが自己免疫疾患、ヘルパーT細胞の死滅により外部からのウイルスなどに対する免疫が正常に機能しなくなるのが免疫不全症です。