文末のthat morningからメールが届いた時とメールを開いた時には時間にズレがあるのが分かります。開いた時制はopenedから過去なので届いたのはそのさらに過去になります。その「さらに過去」を伝えるのがhad P.P.です。で、メールは送られるものなので受け身にしているhad been deliveredが正解になります。
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