これは関係代名詞ですからthe man who I thought was my friendがひとかたまりで主語になっています。日本語訳では「友達だと思った男が…」と「思った」が過去の話になっていますよね。そしてmy friendが友達だと思った男の代名詞になってるので英語の文法のルールでIやHeなどの人称代名詞にはbe動詞をつけるという決まりがあるためmy friendにはisをつける。でも今回は過去形だからisをwasに変えているという訳ですね。
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