回答

inには「〜の中」というニュアンスがあります。
そのため、この文では
difficulty in getting to school
学校に行く(という状況の中で生じる)困難
という意味の取り方になります。

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in ing形は、(1)-しているときに(2)-している最中にの2つの意味を持ちます。今回の場合は、学校に行く時の困難ということで、おそらく(1)の意味だと思います。

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