回答
習慣です、というのが雑ながら一番しっくりくる答えではなかろうかと思います。敢えて違いを述べるなら、他のNaOHなどは無機化合物、CH3COONaは有機化合物であるというくらいでしょうか。これは私の推測ですが、CH3COONaの主役(主に考察の対象となる部分)が有機物的な部分、CH3COO-の方だからだと思います。
補足:他の方が勘違いされているようですが、CH3COONaで正しいです。NaCH3COOではありません。
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私は化学系を専攻しているわけではないので、チョロっと高校時代に身につけた程度の知識で回答しています。
化合物の命名や化学式に関する規則はIUPAC命名法というもので定められているはずなので、そちらを見れば詳しい解説があるかもしれません。(私の場合は使っている内に慣れたほうが早いと思って、覚えるのを諦めてしまいましたが)