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いえ、異なります。
相補性という際、多くの場合（特に高校生、大学受験生）では塩基の相補性を意味することが多いですが、
生物学では、遺伝子の相補性、といった用語もありますので、
塩基に関して用いる場合は、「塩基の相補性」というべきです。
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そうなんですね！初めて知りました！ありがとうございます！