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madeは使役動詞 itは仮目的語で、
全体としては
彼女はitをclearにした。
という意味で、itの示す内容が後ろのthat以下です。
関係詞、thatとwhatの違いですが、whatの後ろには主語と動詞だけの文が来ます。そしてwhatを「こと」「もの」などと訳します。
例 She remember what I said.
彼女は私がいったことを覚えている
それに対し
thatの後ろには完全文(目的語のある文)が来ます。
例 She remember that I said I was happy.