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補助動詞の意味を誤認されているのではないでしょうか。
補助動詞の辞書的解説は以下の通りです。
*補助動詞
動詞のうち、本来の独立した用法を離れ、他の語について補助的な役割をするもの。「持っている」の「いる」、「置いてある」の「ある」、「取ってしまう」の「しまう」など。
すなわち、「候ふ」の本来の独立した用法とは、「お仕えする」「参上する」などと訳す場合です。これらは単独で意味を持ちえます。対して「あります」「ございます」と訳す場合は、補助動詞としての用法といえるでしょう。直前に活用する語があるかないかは問題ではないと考えられます。