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come uponはby mistakeとby accidentに置き換えれると習ったのですが → Ruuさん、勘違いです。
なぜなら、come upon …(動詞comeの連語)は、(偶然)…に出会う、…を見つける という意味ですが、by mistake(間違って)とby accident(偶然に)は副詞句です。動詞ではありません。
従って、comes：3単現のs は副詞とは全く関係のないことです。
参考にしてください。
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