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thinkとかguessとかbelieveとか「思う・考える」系の動詞のよくある形です。

以下のように考えると良いです。

thinkは能動態で次の①②の形を取ります。
①We think that Yokohama is an important port city in Japan.(thinkの目的語がthat節全体)

②We think Yokohama to be an important port city in Japan.
Yokohamaが目的語、to be〜が補語のSVOC
①と比較すると、
①のthat節の主語であるYokohamaが、that節の外に出てきています。
that節はその中で主語・動詞がないといけないのに、Yokohamaがthat節の外に出てしまった。
なので、that〜の部分を主語が必要ないto不定詞に直してあげている、と考えると良いです。

次に、①②を受動態にします。
受動態は、能動態の目的語を主語にして、全体の意味が変わらないように書き換えた文です。

①はthat節全体が目的語なので
That Yokohama is an important 〜 is thought.
でも間違いではないのですが、that節が主語になるのは、長くて好まれません。

ですので仮主語のitを置いて
③It is thought that Yokohama is an important port city in Japan.(①の受動態・it〜that…構文)
とします。

②の受動態はもっと簡単です。
②の文の目的語はYokohamaですから、これを主語の位置に持って来れば良いので
④Yokohama is thought to be an important port city in Japan.
となります。

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