runがかかっているものが大事ですね。
今runにかかっているものはengineですが、engineはrunningを主語と取っておかしいところはありません。(能動的)
逆にrun(過去分詞)を考えた場合、engineは目的語であり、runさせた人は別にいる状態になります。(受動的)
能動的な例を一つ紹介しましょう
例) He was sitting on the sofa with his legs crossed.
この場合crossedはlegsに掛かっていますが、legs cross(s+v):脚が閉じる(自分で)とはならないのがわかると思います。脚は閉じられる(受動)ものですよね?
ですから今回はrunではなくrunningとなります。