どちらも選ぼうとも、同じですよ。 Whichever you choose,that will be the same. この場合thatはtheyじゃだめですか?
複合関係詞は疑問視の性質も兼ね備えているので、原則は単数扱いとなります。もっと言えば、指示代名詞で置き換える必然性も薄いので、itが最適かと思います。
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