thinkを使った間接疑問文でDo you think 疑問詞節?となっている場合、疑問詞が先頭に来るというルールがあります。
例文で何かあるか調べていたのですが、When do S think〜?の文に関して、whenがthinkにかかることは無いように思います。do you think というのは「今」考えていることなので、「いつ」という疑問は合わないのではと思います。
did you think のような過去時制であればthinkにかかることもあるでしょうが、正しい意味を読み取るには文脈での判断になりそうですね。
それでは、「いつ彼は〜と思いますか?」のように、thinkにwhenがかかっている場合、英文ではどのやうに表現するんですか?