完全に一致はしていませんが、ほぼ同じ割合ですよね？
これを同じ割合と考えて良いのですが、質問の趣旨とは異なりますよね。
多少の差が出てしまう理由をいくつか挙げておきますね。
１，複製中である
DNAが複製されている時、２本鎖がほどけ、片方ずつ別々に相補的な新しいDNA鎖が合成されます。
その時、片方は連続して合成していきますが、他方では、短い断片（岡崎フラグメントと言います）が合成され、
その隙間を後でつなぎます。
どちらの場合も、合成が開始されるときには、DNAと相補的なRNA(プライマーと言います)がまず合成され、そこから、DNAの合成がはじまります。
その後、RNAは分解され、その部分に相補的なDNAが合成され、先に合成されていたDNA鎖と繋がります。
となると、DNAに相補的なRNAが結合がされている時には、DNAの塩基の割合がズレてしまいますし、
片方で連続して合成されるタイミングと、他方で岡崎フラグメントが合成されるタイミングとは、
時間的なズレが当然生じますので、そこでのタイムラグにより塩基の割合がズレてしまうことがあります。
逆に言えば、複製をほとんど行わない肝細胞などであれば、ほぼ塩基の割合が高い精度で一致します。
２，変異が生じている
複製とも関連するのですが、複製の際に、誤った塩基が結合する場合があります。
これを修正するメカニズムがあるのですが、その仕組を持っていない生物や、その仕組が破綻している場合、
誤った塩基が向かい合うことになります。
このような場合も、塩基の割合にズレが発生してしまいます。
３，塩基のカウントのミス
塩基配列の読みとりは、通常、シーケンサーという機械などで行います。
実際に使ってみると分かるのですが、「不明」として読み取り結果が出てくる塩基がいくつかあります。
こういう実験上におこるエラーや、精度の限界により、
完全に正確な塩基数が読み取れていない場合も、同様に割合がズレてしまいます。
とりあえず３つほど回答しておきますね。
