How many people live in Japan? なら言うんじゃないでしょうか。
How many populationとは言いませんね。
population（人口）が多いは、many populationではなく、large populationと言います。
だからHow large populationなら言いますよ！
https://oshiete.goo.ne.jp/qa/4044146.html
これが参考になるかもしれません。
English
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人口を聞く際、What is the population of Japan?と言うと習ったのですが、How many 〜？は、なぜ、使わないのでしょうか？
教えて下さい！
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