()がis になる理由が分かりません! → 以下の2つの文を結びつけた間接疑問文と考えるといいと思います。
What(S) is(V) the matter(C) with him?(彼については何が問題なのか?) + Do you think?(あなたは思いますか?)
⇒ 〇What do you think is the matter with him? <間接疑問文> 彼について何が問題だと思いますか?
✕Do you think what is the problem with him? 【理由】Yes/Noで答えられない内容の質問であるから。
参考にしてください。