本動詞だけの文はたくさんありますが、助動詞だけの文というのは、本動詞を省略してるとかじゃなくて純粋に助動詞だけの文を作ることはできないです。
本動詞だけの文っていうのは
He likes apples.とかHe studied English.とかその他何でもいいですけど。
進行形や受動態のbe動詞や完了形のhaveは、助動詞に分類されます。ただし、canとかwillとかその他一般的に助動詞っていうときに想像するやつとは区別します。一般的に助動詞って言ってるやつは「法助動詞」、進行形や受動態のbe動詞や完了形のhaveは「一次助動詞」とかって呼び分けています。一次助動詞を使う文の場合、それに続く〜ingや過去分詞を本動詞と考えます。
>He likes apples. の likes は現在形ですね。He studies English. の studied は過去形ですね。これらの文には助動詞は入っていないということがわかりました。ということは、進行形の現在分詞、受動態の過去分詞だけでなく、現在形や過去形に変化してもそれは本動詞ということですね？
概ねそうなのですが、
少し訂正もしつつ、より正確に説明します
まず
例えばstudyがstudiesやstudiedや studyingになったりするのは
動詞が原形（=不定詞）から活用して形が変わったり（あるいは変わらなかったり）している
ということです。
現在形・過去形はもちろんのこと
不定詞とか現在分詞とか過去分詞とか動名詞もそうです。「◯◯詞」って言ってるけどもこれは「品詞」の分類ではなくて
品詞としては全て動詞で、その活用形だということです。
次に「本動詞」というのは
例えば will come とか is known とかのように
助動詞+動詞（の活用形） の組み合わせのときに
「"助"動詞」に対してその後ろの部分のことを「"本"動詞」と言っています。
5文型で解釈したりするときは
助動詞と本動詞の部分をまとめてひとつのVとして考えますね。
最初のコメントで
He likes apples. を「本動詞のみの文」と言ってしまったけどこれは正確ではなかったです。ポパイさんのおっしゃる通り「助動詞が無い文」という言い方が正しいですね。
助動詞が無い文は、助動詞と本動詞 というふうに分けて考える必要がないわけないので、ただ動詞（の何らかの活用形）があるというだけですね。
助動詞があるから、その助動詞がつく残りの部分のことを「本動詞」と呼び分ける必要が出てくるということです。
> 同じ文で一次動詞を複数使う場合はありますか？
一次"助"動詞 のことですよね？
例えば
Without your help, I would have been waiting there all day.
あなたの助けがなければ、私は一日中そこで待ってただろう。
would(法助動詞)+have(一次助動詞)+been(一次助動詞)+waiting(本動詞)
>疑問文にするときに文頭に出し、否定文にするときにnotをつけるものが助動詞という理解で大丈夫ですか？
これはいいと思いますよ。
法助動詞もそうだし、一次助動詞のhaveもbe動詞もそうですね。
もちろん例えば
would have been 〜とかを否定文にするときは
wouldn't have been〜になるのであって
would haven't been〜とかにしないし
beenに無理やりnotをつけたりもしない
組み合わせて使うときは一つ目の助動詞にnotをつけます。当たり前のことだけど
で、一次助動詞でひとつ大事なのを忘れてました
do(does/did)
Do you like tennis? このdoは一次助動詞です。
I don't like tennis. 否定文を作るときとか、
I do like tennis. 強調を表すdoも同様です。
一旦ここまでです。
> couldやwouldはcanやwillの過去形とききましたが、活用するということは、本動詞ではないとしても、そもそもが「動詞」ということですよね。原形とかは仮に使われないとしても存在はしないのですか？ 動詞だとしたら、動詞の want が後ろに to do..を目的語にとるように、助動詞の後ろに続く原形不定詞は助動詞の目的語という理解（自分はそんな感覚なので）でいいのでしょうか?
複数の論点があるので整理しながら説明しますね
説明の都合上、順番が入れ替わってしまいますが
> 原形とかは仮に使われないとしても存在はしないのですか？
以下高校生が一般的に学校で習う英文法の話として説明します。
助動詞に限りませんが
例えば I like English. という文で
このlikeは一人称の現在形であって
原形ではありませんよね。
be(原形)という動詞は
現在形がam/are/isで過去形がwas/wereだ
同様に
like(原形)という動詞は
現在形はlike/likesで、過去形がlikedだ
と考えます。
つまり同じlikeでも原形と現在形は区別します。
I like English.のlikeは現在形であって原形ではない
というのはそういうことです。
同様の考え方で
例えば
can(原形)という助動詞は
現在形がcan(現在形)で過去形がcouldだ
と考えます。
原形と現在形が見かけ上同じなのに
それを区別するのはなぜかというと
原形は
その動詞自体が時制を持たない。
一方現在形というのは
その形自体から現在時制であることが読み取れる
という違いがあるからです
例えば
I can swim.というとき
canは現在形
つまり、このcanの形から
この文が現在時制の文だと読み取りますね。
一方swimは原形です。
（現在形でもswimのまま使ったとしても）
canの後ろは原形と決まっているから。
で
swimが原形であるということは
このswimは時制を持たない
ということです。
> そもそもが「動詞」ということですよね。
現代人が普通に英語を使うときに「そもそも」まで遡って意識することはまずありませんが
歴史上の話をすると、いま助動詞として使われている単語は、大昔の英語では動詞でした。
だから現在も、助動詞は動詞だった頃の特徴(活用したり時制を持つ)を残している、という認識は正しいと思います。
> 動詞の want が後ろに to do..を目的語にとるように、助動詞の後ろに続く原形不定詞は助動詞の目的語という理解（自分はそんな感覚なので）でいいのでしょうか?
これは一部説明が高校英文法の範囲を超えてしまいますが
まず、わかってると思うけど
目的語 という文法用語は名詞（に相当する語句）に対して使うものなので、助動詞と動詞の関係に対して使うのは適切ではありません。
歴史上、助動詞がもともと動詞であったとしても、いまは違うので。
そういうところの細かい言葉の使い方とかの積み重ねによって、一般的な説明とご自身の感覚のズレを認識するようになったのではないのですか。
ただし、
英文を左から右に頭から順番に読んだり、英語で何か話したり聞いたりするときに
助動詞がきたら次は動詞が来る
と感じる（つまり助動詞が動詞を導く）ことと
他動詞が来たら次は目的語が来る
と感じる（つまり動詞が目的語を導く）こと
これには区別がありません。
それだけじゃなく
例えば
冠詞が来たらそれに関連して名詞が導かれる
前置詞が来たら名詞が(基本的には)導かれる
というのも同様ですし
(接続詞の)thatがあったら後ろに文がくる
とかもそうです。
ある単語が文法的に別の単語や節や句を導く
というのは
学校英語で五文型で解釈するときには
あるときは 動詞と目的語
あるときは 動詞と補語
とかって区別したりしますけど
結局のところ
前の単語が後ろの形を決める
(一つに確定しなかったとしても少なくとも選択肢を狭める)
というのは
大学で習うようなより現代的な英文法だと
品詞に関係なく同じ現象が起こっている
と認識しています。
（区別が全く無いわけじゃないですが）
詳しいご説明ありがとうございます。
「Do you like tennis? このdoは一次助動詞です。I don't like tennis. 否定文を作るときとか、I do like tennis. 強調を表すdoも同様です。」のところを読んで気づいたのですが、I like tennis. なら現在形の like のなかにdoという助動詞が入り込んでいるのですか？
もうひとつ、This is a pen. の疑問文は Is this a pen? 否定文は This isn't a pen. なのですが、このisは助動詞？が本動詞？どっちと言えるのでしょう？
いろいろと細かい質問で申し訳ないし、ありがたいです。学校英語どうのこうととこだわっていませんので、深くて本質的なことを知りたいだけです。
助動詞が動詞の中に入り込んでいる
という考え方はしないです。
助動詞は必要なときに添えられるだけのことです。
歴史的な話をすると
一般動詞を使うのと、doを使うのとが区別なく
どちらも使われていた時代があります。
つまり
I knowとI do know みたいな言い方は同じだった。
現代のように「強調」の意味もなかった。
(ただし、分かりやすく現代のスペルで書いてます。日本語の古文と同様、綴り方には違いがある)
で、歴史が進むなかでdoを使う表現はいったんすたれてしまったんですが
必要ないdoをあえて使う ということが
「強調」の意図を持つようになった
ということらしいです。
isの質問については
This is a pen. の場合、このisは動詞として考えます。助動詞に分類されるbeは、進行形をつくるbeだけです。
でも、
疑問文や否定文の作り方が他の助動詞と一緒じゃん、
だから動詞に見えるbe動詞も助動詞っぽくない？
という発想はよくわかります。
実際に、be動詞は(動詞に分類されるものでも)
文の生成メカニズムを考える際には助動詞と同じ位置に割り振られています。
例えばHe is tall.というときに、動詞はisだけど、実質的な内容はtallにあって、isは添え物ですよね。
He can speak English.の場合だと実質的な内容はspeak English.で、canは添え物
これらを同様に見なすということです。
疑問文を作るときって
I will → Will you〜？
He is →Is he〜？
I know → Do you know〜？
みたいに助動詞を文頭に置きますが
一般動詞の疑問文は、大昔は
know you？
みたいに動詞を直接文頭に持ってきていました。
（これもスペルは現代のままで正確には違う）
ところが、一般動詞は歴史が進むにつれて位置が固定化されていったのです。
でも、疑問文は文頭に動詞や助動詞を置くことを目印にしたかった。
そこで使われるようになったのが
Do you know〜？のようなdoなんですって。
否定文も同様に歴史的には
He is notとかHe will notのように
一般動詞も後ろにnotを置けばよかった
You know notみたいな感じ
だけど
一般動詞の位置の固定化が進んで、
それでも否定文の目印（動詞や助動詞の後ろにnotを置く）は維持したくて、
それでdoが使われてdo not know というような語順になった
だから文の生成に関していうと
特殊なのは一般動詞のほうなのかも？
と思ったりもするのですが。
本質的かどうかはわかりません…
これ読んでも本質がわかったとは思えないと思うんですみません。学んだことを人に説明することで深めてるだけなんです。
詳しめにも書き始めたんですが、今まででダントツで一番長くなってもまだ半分くらいだったのでそこでやめました。
AIに「語彙範疇と機能範疇」「be動詞と助動詞がTPにあること」「Doの支え」「Do support」について専門用語を使わずに教えて、って聞くとたぶん参考になると思います。
ポパイさんの最初の質問で重要なことに答えていませんでしたが
品詞ってことでいうと
動詞を助動詞と（本）動詞 に分ける
というのは正しくなくて
助動詞と動詞 は初めから別の品詞です。
だけど
SVO とかの文型で考えるときに
She can speak English.とかで
can speakがまとめてV というふうに考えることはよくあるし
例文で挙げたwould have been waiting とかも一つのVのまとまりですね。
こういうまとまった表現の中身を考えるときに
would have been はそれぞれ助動詞
waitingが本動詞
っていう言い方はすることがあります。
ありがとうございます。
He likes apples. の likes は現在形ですね。He studies English. の studied は過去形ですね。これらの文には助動詞は入っていないということがわかりました。ということは、進行形の現在分詞、受動態の過去分詞だけでなく、現在形や過去形に変化してもそれは本動詞ということですね？
同じ文で一次動詞を複数使う場合はありますか？
疑問文にするときに文頭に出し、否定文にするときにnotをつけるものが助動詞という理解で大丈夫ですか？
couldやwouldはcanやwillの過去形とききましたが、活用するということは、本動詞ではないとしても、そもそもが「動詞」ということですよね。原形とかは仮に使われないとしても存在はしないのですか？ 動詞だとしたら、動詞の want が後ろに to do..を目的語にとるように、助動詞の後ろに続く原形不定詞は助動詞の目的語という理解（自分はそんな感覚なので）でいいのでしょうか?
ほんとうに、すみません。文法書に書かれていることが、自分の感覚と異なることが多く、ネットも相反する説明が混在していて、どうしても半信半疑になって質問が多くなってしまいます。