アンモニアとアンモニウムイオンを例にしますね。
アンモニアは窒素原子ひとつに水素原子みっつが共有結合してできています。電子式で書いたらわかるように、アンモニアには非共有電子対が1組あります。簡単に言えば、ここに水素イオン(電子を持たない)がくっついてくるのが配位結合です。アンモニアは電荷が0の分子で、そこに＋1の水素イオンがくっつく訳ですから電荷＋1のアンモニウムイオンになる、というわけです。そういう意味では質問者さんの解釈も的をえています。
共有結合は電子をひとつずつ出し合うのに対して、配位結合では片方が2つ出すことになります。
ここ以降は発展的内容ですが、きっと理解を深めやすいと思うので。窒素と水素では電気陰性度(電子を引きつける力)が大きく違うんでしたね？窒素の方がかなり力が強いです。つまりアンモニア分子において、窒素原子は共有電子対をぎゅっと引き付けてるイメージです。だから、分子の中でも窒素原子は若干マイナス、水素原子は若干プラスになってます。これは水素結合の説明にも応用できます。
そういうわけで窒素原子は若干マイナスに帯電しているので、電荷がプラスの水素イオンがひきつけられてきて、都合よく非共有電子対があるから配位結合する、というわけです。
水分子も同様に配位結合してオキソニウムイオンになります。オキソニウムイオンはまだ非共有電子対を持っていますが、電荷がプラスのイオンなので、水素イオンと反発し合うため、もうひとつの水素イオンが配位結合することは無いです。
長くなってすみません。勉強頑張って下さい。
