『なぜto comeとなるのか？』
解説）
まず、この英文の形は「It is 構文」として知られています。よく使う構文ですので、名前も覚えましょう。
この構文のポイントは、「仮主語」と「真主語」という言葉です。
仮主語はItです。仮主語とは文法的に正しい形にするためだけに置かれた主語であり、ほとんど意味を持ちません。和訳などでは「それ」などと訳す必要は全くありません。
一方で真主語は、ご質問のto come (late on rainy days)です。
で、重要なのが「仮主語」＝「真主語」という関係性です。
そのため、この文章は実は
To come late on rainy days/isn't/unusual.
と書いても正解です（説明のため、いったんfor the busesは忘れてください）。
「じゃあなぜIt is構文などというものを使うのか？」ということですが、英語ではS(主語あるいは主部）が長ったらしくなることを嫌う言語です。ですから、シンプルに「It」だけとするこのIt is構文がよく使われるのです。
さらに視点を変えて説明します。
この仮主語 It の品詞は名詞（代名詞）ですね？
一方、真主語はto come...となっています。これは「to不定詞の名詞的用法」と呼ばれる考え方を使って、「品詞を一致させている」のです。
品詞を一致させているからこそ、先ほどのように
To come late on rainy days/isn't/unusual.
という文章でも文法的に正しいと言えるようになるのです。
このようにto comeであるのには理由があるのです。
さて、次のご質問。
『forの後をthatに書き換えたらSVって持ってくるで合ってますか？』
解説）
合ってます。
ただし、少し形を変えてthatの中身の文章で文型を整える必要はあります。
It isn't unusual[rare] for the buses to come late on rainy days.
これをIt is that...の形に書き換えると、
It isn't unusual that the buses come late on rainy days.
あるいは、
It isn't rare that the buses come late on rainy days.
となります。
for the busesという「意味上の主語」から主部となるthe busesだけを取り出して、
これをthat節内の主語とします。
まあ、単純に「forが消える」と考えても良いでしょう。
