初速度があり、ブレーキをかけるということは速度が0になる時間が存在するからです。
そのタイミングを公式で求めています。
そうですね。
物理って考え方が難しいですね…
電車は本来出発する前から考えると初速度なんてないんですが、走ってる最中から考えてるって感じです。
例えば、あなたが電車に乗ってるとして気まぐれに今から電車が止まるまでどれだけ時間がかかるだろうと考え始めたときの計算式が先ほどの公式になります。
走ってる状態から考えてるので速度が在るものとして考えます。
2枚目の写真も走ってる状態からの考え事ですので初速度は40m/sになります。

付け加えておくと初速度が40m/sですね。
ブレーキをかけると速度の反対方向に加速度が生じますからいずれ電車は止まります。
止まった時の速度を0とすると
0=40-5tで、8秒後に電車が止まるということがわかります。