回答

W=Fxでやれば意味は同じなので大丈夫です。
縦の時を特にW=mghと公式化しているだけなので。
位置エネルギーは「ある高さにある物質を落としたときにする仕事」という定義があるので、もともと高さに特化していますが、仕事を求めています。

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「仕事とはエネルギーの変化量」で覚えると楽かもしれません。
今あるところから高さhだけ高くなった場合、位置エネルギーの変化量=された仕事はmghです。
また、W=Fxcosθは垂直方向のことを考えθ=0だと思うのですが、このときF=mgとすればW=mghで本質的には同じことだと思います。

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