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ミトコンドリアとシアノバクテリアの祖先は、もともと違う生物として独立して生きていたため、もともと自分たちのDNAを持っていた。
それがそのまま真核細胞に取り込まれたから、本体のDNAとは別にミトコンドリアとシアノバクテリアのDNAを持っているということ。本来なら、細胞小器官が独自のDNAを持っているということはない。

説明が上手くできなくてすみません…

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